免疫功能正常的社区获得性急性鼻窦炎患者几乎都呈病毒性（如鼻病毒、流感病毒、副流感病毒）。一小部分会发展为继发性细菌感染（致病菌有链球菌、肺炎双球菌、Haemophilus influenzae、 Moraxella catarrhalis, 或葡萄球菌）。有时，上颌牙齿的根尖周脓肿会蔓延到被覆窦。医院获得性急性感染以细菌性感染更常见，通常包括Staphylococcus aureus、Klebsiella pneumoniae、 Pseudomonas aeruginosa、 Proteus mirabilis, 和 Enterobacter。免疫功能低下的病人可患急性真菌性鼻窦炎（免疫缺陷患者侵袭性鼻窦炎）。

慢性鼻窦炎涉及很多导致慢性炎症综合因素。 如慢性过敏、鼻结构异常（例如，鼻息肉）、环境刺激（如空气污染和烟草烟雾）、粘液纤毛功能障碍以及其他致病微生物感染引起慢性鼻窦炎的因素。常见的致病微生物为细菌性（可能为黏膜表面生物膜的一部分），也可能是真菌。涉及多种细菌，包括格兰阴性杆菌和口咽厌氧微生物。多重微生物感染较为常见。少数情况下，慢性上颌窦炎可继发于牙源性感染。真菌感染（Aspergillus、 Sporothrix、Pseudallescheria）可以是慢性的并且倾向发生于老年患者和免疫力低下的患者。沈阳燕都耳鼻喉。

过敏性鼻窦是一种慢性鼻窦炎，表现为弥漫性鼻腔充血，黏稠的鼻腔分泌物，常伴有鼻息肉。为机体对鼻窦内存在的 Aspergillus, 等真菌的过敏反应，并非细菌入侵造成感染。

侵袭性真菌性鼻窦炎 在免疫功能低下的患儿是一个快速进展的，有时甚至是致命的感染，多由 Aspergillus 或者 Mucor 所致。